怀孕41天有褐色分泌物的症状，可能与异位妊娠、先兆流产、孕激素波动等原因有关。具体病因需要到正规医院接受系列检查后才能确诊。具体如下： 1、异位妊娠 异位妊娠是指受精卵在子宫体腔外完成着床。该情况下的胎囊是无法进行正常发育生长，并会诱发剧烈宫缩及异常内膜脱落。