自身免疫性肝病主要原因是发生自身免疫反应，作用靶细胞是肝脏的肝细胞、肝细胞内的线粒体、胆管上皮细胞，发生自身免疫反应，不认识自己机体正常的组织或细胞，当成外来异物攻击发生抗原抗体反应，对肝细胞发生抗原抗体反应攻击肝细胞，导致肝细胞坏死，引起自身免疫性肝病。