人乳头瘤病毒39型可能是通过性接触感染的，人乳头瘤病毒主要经皮肤或黏膜接触传播，性伴侣有感染，可以直接传染给另一方。有的是接触病毒污染物间接传播的，比如与感染者共用毛巾、浴盆、坐便器或者共同泳衣、内裤。离体病毒难以长期存活，因此间接传播的情况很少见。